咖啡果实在采摘后需要尽快运送到处理厂进行处理，但因其国内设施匮乏，无法在第一时间对果实进行处理。果实在被采摘后堆积在一起，因缺乏通风会持续发展加速发霉和腐烂，的果实会影响咖啡的品质，出现瑕疵风味。 而近些年的卢旺达在咖啡的生产加工环节有了很大的进步。首先咖啡果经由人工采摘；全国各地咖啡设立咖啡生产合作社，对咖啡农进行技术上的指导；咖啡农在采摘后尽快送往咖啡处理站进行清洗和筛选，挑选成熟优质的咖啡果进行加工 卢旺达咖啡多为水洗处理法。水洗处理法首先会将成熟的咖啡果进行清洗和浮选，然后除去外果皮、果肉以及部分果胶层，随后将咖啡送入发酵池，将剩余的果胶层发酵去除干净再送入晾晒场进行干燥处理，使水分含量达到约13%。上图中的咖啡均放置于非洲棚上进行晾晒，以避免咖啡沾染泥土的杂味，晾晒时通风效果更好，规避发霉的情况发生。晾晒过程中咖啡农也会将豆子定期翻动，让晾晒更均匀，同时会拣选出品质不好的豆子舍弃 2000年，马拉巴市长向位置邻近于布塔雷市的卢旺达国立大学（UNR）请求发展援助；隔年，卢旺达国立大学协助成立了联合加强卢旺达农业合伙计画（PEARL）。PEARL计划同时也得到了数个组织的支援：美国国际开发署（USAID）、密歇根州立大学、德州农工大学，另外许多卢旺达组织，包括卢旺达国立大学、国家农业实验所（ISAR）与吉佳利理工管理学院（KIST）等，亦投入计划中。2001年二月，PEARL着手与阿巴乌札姆甘比合作改良咖啡品质，以满足美国专业咖啡市场的标准，进而将咖啡销往美国。 马拉巴咖啡农人首要解决的问题是设立一座清洗站。咖啡果在摘取后十二小时内，必须运至清洗站洗去咖啡豆外皮下所被覆的糖，否则咖啡的风味将大为受损。2001年七月，靠著UNR、卢旺达文化工业部（Office des Cultures Industrielles du Rwanda，OCIR-Café）、ACDI/VOCA与ISAR所资助的资金，他们在塞伦布区（Cyarumbo）靠近主要道路处，建立了第一座清洗站。但清洗站一直迟至收获季节方才启用，因此当年收获中仅有200公斤（441磅）受到洗净。然而，结果却出乎意料的好。2002年清洗站升级，以供应更多咖啡的加工。ACDI/VOCA负责提供资金，修筑引入胡叶山（Mount Huye）矿泉水、帮助提高清洗站效率的管线。管线于2002年三月启用。