在咖啡豆进行自然发酵的过程中，一个复杂而精细的生物化学舞台正在上演。这里，酵母和微生物如同小小的工匠，在糖分和咖啡胶质中释放出酶，它们像魔法师一样，将这些原料转化为脂肪酸、蛋白质和酒精酸，从而改变咖啡豆的味道、颜色以及黏液质的组成。这一过程中的关键角色是saccharomyces cerevisiae，也就是常见于面包和葡萄酒中的面包酵母或酿酒酵母，这是一种纯天然且广泛存在于自然界中的有机微生物。

除了面包酵母外，还有一类微生物——乳酸杆菌也参与了这一过程。然而，与葡萄相比，咖啡更依赖于其生长环境，即风土（terroir）和微气候（microclimate），来支持这种野生的发酵过程。发酵速度受到多种因素影响，如内部温度、发酵系统类型、时间长度、胶质质量、pH值以及氧气通道情况，以及环境卫生状况等。

这些因素最终将决定咖啡品质，并对其完整性产生深远影响。在自然发酿领域，有几种不同的方法可以实现：干燥发芽（Dry fermentation）、湿润发芽（Wet fermentation）、封闭式發芽（Closed fermentation）。每一种方法都有其独特之处，对最终产品提出了不同的挑战与要求。