在咖啡豆进行自然发酵的过程中，一个复杂而神秘的生物化学世界正在悄然展开。酵母和微生物如同小小的工匠，在糖分、黏液质等物质上施展着它们独有的魔法。他们释放出酶，这些酶就像是一把钥匙，将糖转变为脂肪、蛋白质和酸，进而改变咖啡的味道构成，使其色泽更加鲜明，pH值变得更加稳定，同时也影响到了黏液质的组成。这整个过程被称作是有机微生物活动，其中最为关键的一环便是由saccharomyces cerevisiae（面包酵母或酒精酵母）执行。在葡萄皮或者可可豆表面的野生果实中，这种天然无需人工引导的小生命体亦能找到栖息之地，它们在酒精生产中扮演了重要角色。

然而，与葡萄相比，咖啡更依赖于其所产自的地理环境（terroir）以及微妙的气候变化（microclimate），以支持这段自然发酵旅程。此外，还有一种乳酸杆菌，也参与到这个过程中，它们共同创造出了独特风味与香气。

发酵速度受到多种因素影响，如内部温度、系统类型、时间长度、胶质质量及含量，以及氧气通道以及卫生条件等因素共同作用。这一切都将最终决定咖啡品质，并塑造它完美无瑕的一面。关于自然发酵，有几种不同的类型：Dry fermentation 干发酵 Wet fermentation 湿发酵 Closed fermentation 闭合发酵，每一种方法都带来独特风味，为咖啡爱好者提供了丰富多样的选择。