在咖啡豆进行自然发酵的过程中，一个复杂而神秘的生物化学舞台正在上演。这里，酵母和微生物如同小小的工匠，在糖分和咖啡胶质中释放出酶，它们像魔法师一样，将这些原料转化为脂肪酸、蛋白质和酒精酸。这一系列变化，不仅影响了咖啡的风味，还改变了它的颜色和pH值，以及其黏液质结构。在这一过程中，被称作面包酵母或酿酒酵母（saccharomyces cerevisiae）的微生物，是这个有机、自然而天然的过程中的关键角色。它们不仅可以在葡萄皮或者可可豆表皮上找到，也常见于酒曲生产中。

然而，与葡萄不同，咖啡并不能完全依靠野生的这种发酵方式，它更依赖于土壤环境（terroir）和微气候条件来支持这个过程。发酵速度受到多种因素影响，如内部温度、发酵系统类型、时间长度、胶质质量、酸度以及氧气通道等，这些都是决定最终品质与完整性的关键因素。

关于自然发酵，有几种不同的形式：干发酵Dry fermentation）、湿发酵(Wet fermentation)、闭合发 酵(Closed fermentation)等，每一种都带有一己独特之处，对咖啡品質产生深远影响。