在水洗过程中，果实的果皮和果肉经特殊的去浆机处理与咖啡豆剥离。咖啡豆随后进入发酵缸进行发酵处理，以使粘膜不再粘滑。黏膜中的糖分会在发酵过程中被分解。根据发酵手法的不同，发酵的时间通常为12小时至6天（一些种植者会利用淋水系统发酵咖啡豆。这种方法被称为“肯尼亚水洗法（Kenyan method），通常会持续数日）。决定何时停止发酵极为重要。一旦咖啡过度发酵，咖啡的味道就会变得过酸。一旦粘膜的粘性物质被分解殆尽，人们就会利用大量的水将其冲洗下去（生豆处理过程中产生的废水被认为是咖啡工业的污染源头。如今，很多地区正在研究先进技术，以回收利用并过滤这一过程产生的废水）。水洗发产生于19世纪，也被称为“湿法加工”。 严格受控的发酵过程会提高咖啡的酸度，并会在咖啡最终的口味中有所体现。但只要在发酵过程后立即进行水洗处理，咖啡的口味就可以得到提升，并带有明亮的酸味自然水洗法 这种方法在巴西极为常见。自然水洗法与水洗法极为相似，不同之处在于自然水洗法是用高压水洗机去除咖啡表层的粘膜的，从而跳过的发酵过程。巴西和哥伦比亚的数家咖啡生豆处理公司已将这种方法申请专利，并成为了当地的自然水系加工发垄断企业。这种方法的用水量远低于水洗发，因此有些人习惯称之为“半干燥法（Semi-Dry）”。由于没有经过发酵，咖啡豆并不存在（或仅存在极低的）发酵风险，咖啡的整体品质更加恒定。但不幸的是，咖啡由于没有发酵，口味会趋于平淡。因此，种植者不会对超高品质的咖啡豆种使用自然水洗法。大部分生豆采购公司也很少购买经自然水洗法加工处理的咖啡哦度蜜处理法 哥斯达黎加几乎全部产区都在使用蜜处理法。这种方法也在整个中美洲广为流传。由于咖啡豆表层粘膜极为粘滑且糖度极高，因此人们通常称之为“蜜”。在蜜处理过程中，咖啡在干燥时会留有部分或全部的“蜜”。咖啡果实经采摘、分级和去果肉果皮，便会被放在干燥床上进行干燥。 由于粘膜的干燥时间很短，因此在干燥过程中咖啡豆几乎不会发生发酵。用这种处理方法加工的咖啡豆酸度要比自然水洗法略高一些，但比水洗法和自然日晒法加工要低很多