咖啡的三大原始种类是阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，但在市场上，人们更熟悉的是阿拉比卡和罗布斯塔两者。每一种咖啡都有其独特的优缺点，以及不同的使用目的和用途。咖啡植物共有40多种，但只有这三种能够产生商业价值的咖啡豆，被称为“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡（学名Coffea arabica）起源于埃塞俄比亚高原，最初用于医学后，在13世纪开始作为烘焙饮料流行，并在16世纪传入欧洲，成为了全球喜爱的饮品。其中，阿拉比卡占据了所有咖啡中75%到80%，因其卓越的风味和香气，是直接饮用的首选。但它对干燥、霜冻以及病虫害极易受损，对叶锈病尤为脆弱。

罗布斯塔（学名Coffea robusta Linden）则发现于非洲刚果地区，因耐性强而不易受到叶锈病影响，不适合高温多湿环境的地方就是罗布斯塔生长的地方。罗布斯塔具有独特苦味与香味，只占混合咖啡中的2%至3%，但却给整杯加上了明显鲜明的风味。这使得它成为速溶、灌装及液体等工业生产中的首选，以含有的3.2%左右较高水平的咔磷酸钾而闻名。

主要产地包括印度尼西亚、越南以及西非国家，如科特迪瓦、阿尔及利亚与安哥拉等国。此外，由于越南致力于提升自身的地位，它正逐渐跻身成为主要生产国之一。

利比里亚（学名Coffea liberica），又被称为西非之王，这一物种以其坚韧抗旱能力著称，可以抵御各种天气条件，从不怕干燥也不怕潮湿，只不过对于叶锈病仍然是不擅长的一环。而且，由于风味相对较差，所以仅限于在国内交易或进行研究使用。

根据国际coffee组织(ICO) 的统计数据显示，在全球市场上流通的大部分 咖啡，大约65% 是由Arabica制成，而35% 则来自Robusta。在形态上可以轻易区分它们：Arabica 的豆粒细长且扁平，而 Robusta 的豆粒则更加浑圆。