在咖啡豆进行自然发酵的过程中，发生了一系列复杂而神奇的生物变化。酵母和微生物开始活跃起来，它们以糖为食物，将其分解成脂肪、蛋白质和酸，这些物质最终转化成了酒精酸。这一过程改变了咖啡的味道构成，使其颜色更加丰富，pH值也随之调整，同时黏液质也得到了重新组合。在这场自然发酵的大戏中，面包酵母或酿酒酵母（saccharomyces cerevisiae）扮演着关键角色，它是这种有机微生物过程中的主要参与者之一。此外，还有一种名为乳酸杆菌的微生物，也能在葡萄表皮或可可豆等水果表皮上被发现，并且常见于酿造工艺中。

然而，与葡萄不同的是，咖啡更依赖于土壤条件（terroir）和微气候环境来支持这一野生的发酵过程。这些因素包括内部温度、发酵系统类型、时间长度、胶质质量以及氧气通道情况等，都会影响到新陈代谢速度，从而最终影响咖啡品质并塑造它独特的完整性。自然发酵有多种形式，如干湿混合法或闭合法，每一种都具有其独特之处，对提升咖啡品质起着不可忽视的作用。