1980年代的内战造成很多位于战区的咖啡农不愿花费农业肥料等在咖啡园上，形成了「有机栽种」的事实。战后，持有机栽种的咖啡园更在政府的协助下成立有机栽种组织，不少取得雨林联盟(Rain forest-Alliance)的Eco-ok认证。目前有2000公顷的咖啡园取得有机认证，另外还有2000公顷的咖啡园正在取得认证中(有机认证由申请到取得共需三年的时间)。 【种植概况】： 19世纪，萨尔瓦多的咖啡就是重要的经济作物，政府立法来征收税赋并且鼓励栽种出口;萨国的咖啡农虽然无法得到技术或财务的协助，但在每公顷单位生产量的成长上，于众多咖啡生产国中算是相当优异!咖啡的产值就像火车头一样，对萨国基础交通建设，轻工业的发展，乃至机械化的进步，贡献良多! 萨国国土有10%的森林覆盖，其中超过80%是天然遮荫林地，极适合咖啡树的栽种，这种遮荫栽种的咖啡(shade grown coffee)对中美洲生态走廊非常重要(Central American Biological Corridor)。但在1970年，产生严重的咖啡叶锈斑病(coffee leaf rust disease )为了让咖啡树得到阳光的曝晒，很多遮荫树被砍伐掉!这造成很大的环境破坏!但内战也形成一个对环境的转机! 1980年间的内战，导致政府军，游击队都对咖啡产业造成打击，还有天灾 ，以及1986-1987间的国际生豆价格狂跌，都对咖啡产业造成不利的影响，事实上在80年之前，咖啡赚取的外汇还辅助该国成衣产业，也促成轻工业部呢! 而政府掌控的行销与出口，更是不利整个产业!在Incaf’e成立的第一年，咖啡产量从79年的175000吨，滑落到86年的141000吨，当然直接原因是生产者不愿再投资;Incaf’e不仅对出口的生豆收取出口售价的50%而且还常常延迟付款!天灾与人祸促成了有机栽种的良机，当然生产者也意识到好咖啡，才有好价钱，在实质与环保兼顾下、萨国咖啡又有个好的开始!