咖啡的种类主要分为三大类：阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚。然而，在市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种。不论何种都有其优缺点，使用的目的与用途亦不尽相同。

咖啡属植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚这三种，这三种称为“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡（学名Coffea arabica）

阿拉比卡种最初在埃塞俄比亚高原被发现，后来通过中东传入欧洲，并成为全球人们喜爱的一款饮料。所有的咖啡中，阿拉比卡占75%~80%，它的风味与香气使得它成为直接饮用的最佳选择。但其对于干燥、霜害、病虫害等抵抗力过低，特别对叶锈病敏感。

主要产地包括南美洲（除了巴西部分地区）、中美洲、非洲（尤其是肯尼亚和埃塞俄比亚）以及亚洲（如也门、印度和巴布亚新几内亚）。

罗布斯塔（学名Coffea robusta Linden）

在刚果发现了一个耐叶锈病品系，这使得罗布斯塔拥有更强大的抗病能力，它适合在高温多湿的地方生长，而这些地方是不适合阿拉比卡生的环境。虽然罗布斯塔只有2%~3%混合进工业制成的混合咖啡，但由于独特而鲜明的香味，它们仍然非常受欢迎。罗布斯塔含有的咖啡因量远高于其他任何一种，即3.2%，而不是1.5%。

主要生产国包括印度尼西亚、越南以及科特迪瓦、大西洋沿岸国家及安哥洛马尔加什群岛等地。

利贝里克A (Coffea liberica)

西非是利贝里克A最原始产地之一，对于各种环境都非常适应，只是在叶锈病方面表现出了弱点，因此目前主要用于研究或少量商业交易。在世界市场上流通的大部分即65%为Arabica，其余35%则为Robusta。

根据国际组织统计数据，在全球市场上的流通数量中，有65％属于Arabica，大约35％属于Robusta。这两者的不同之处可以通过它们相对大小来区分：Arabica bean tend to be long and flat, while Robusta beans are more rounded in shape。