咖啡的三大原生种——阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，虽然市场上主要流通的是阿拉比卡和罗布斯塔，但每一种都有其独特之处。咖啡植物共有40多种，但仅这三种被认为是“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡种

它的起源可以追溯到埃塞俄比亚高原，最初被用于药用或食用，而后逐渐发展成为烘焙饮用的习惯。在16世纪，它通过阿拉伯地区传入欧洲，并迅速成为全球人们喜爱的饮料。阿拉比卡种占咖啡总产量的75%~80%，其优雅的风味与香气使其成为直接饮用的首选。但它对干燥、霜害和病虫害非常脆弱，尤其是叶锈病。

罗布斯塔种

在非洲刚果发现的一些品种具有更强的抗病力，不适合于高温多湿环境，这正好是罗布斯塔所能忍受的地方。它以独特而鲜明的香味闻名，只占混合咖啡中很小一部分，但却给予整杯咖啡显著影响。罗布斯塔含有较高比例（3.2%）的手性成分，比起只有1.5%的手性成分的大多数阿拉比卡而言，更适合用于工业生产，如速溶、灌装或液体咖啡。

利比里亚种

西非地区为利比里亚種提供了良好的栽培条件，对温度变化不太敏感，只要不是过于潮湿或干燥，都能够生长。不过，由于对叶锈病不耐受以及风味上劣于其他两者，因此主要局限在西非国家内部交易或者作为研究对象。

根据国际coffee组织（ICO）的统计，在世界市场上，65%左右是由阿拉必加豆组成，而剩下的35%则为罗布斯达豆。这两者的形态差异也容易区分：细长扁平的是阿拉必加豆，而浑圆的是罗布斯特豆。