咖啡的三大原生种——阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，虽然市场上主要流通的是前两种，但每一种都有其独特之处和用途。这些品种共计40多种，只有这三大类被认为具有商业价值。

阿拉比卡种是从埃塞俄比亚高原引入欧洲的，成为全球最受欢迎的饮料之一。它占咖啡总量的75%至80%，因风味与香气而受到喜爱。但它对干燥、霜冻和病虫害不耐受，尤其是叶锈病。

罗布斯塔种则在非洲刚果发现，其抗病能力更强，对于阿拉比卡不适应的地带更为适宜。罗布斯塔咖啡豆含有3.2%的咖啡因，而仅占混合咖啡中2%至3%，但却能提供鲜明且强烈的风味。这使得罗布斯塔更多用于速溶、灌装或液体等工业生产中。

利比里亚种，在西非地区为其原产地，它们能够适应各种环境条件（除叶锈病外），但由于风味较差，因此主要在国内交易或者作为研究对象使用。在世界市场上，大约65%是阿拉比卡，35%是罗布斯塔。

根据形状可以轻易区分这两大类：阿拉比卡豆粒细长扁平，而罗布斯塔豆粒较圆润。