咖啡的种类主要分为三大类：阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，但在市场上，人们最常见的两种是阿拉比卡和罗布斯塔。每一种咖啡都有其独特的优缺点，并且它们用于不同的目的和用途。咖啡属下共有约40个品种，但只有这三大原生种中的植物能够产生具有商业价值的咖啡豆。

阿拉比卡（学名Coffea arabica）是一种原产于埃塞俄比亚高原（现在称之为埃塞俄比亚高原）的植物。在13世纪，它开始被当作食物和药物使用，而到了16世纪，它才被传入欧洲并成为了全球普遍喜爱的饮料。今天，所有类型中，阿拉比卡占据了75%到80%，它因风味与香气而受到赞誉。但由于对干燥、霜冻以及病虫害较弱，对叶锈病尤其敏感。

罗布斯塔（学名Coffea robusta Linden）则在非洲刚果发现，这是一种耐受叶锈病更强大的品种，不适合生长在那些不适宜阿拉比卡生长的地方，即热带雨林地带。罗布斯塔具有独特但强烈的香味和苦味，只占混合饮料中的2%到3%，因此即使全杯都是罗布斯塔，也能体现出它鲜明而强烈的风味。它通常用于速溶粉、灌装饮料等工业生产，因为含有较多咖啡因，比起阿拉比卡少得多。

利比里亚（学名Coffea liberica）虽然也是一款耐环境变化很强的大树，但同样对叶锈病不具抵抗力，而且口感也不及其他两者，因此仅在西非国家内部交易或作为研究对象栽培。

根据国际咖啡组织（ICO）的统计，在世界市场流通时，大约65%是由阿拉伯利雅制作，而35%是由罗布斯特制成。这两者的主要区别在于形状，一般来说，Arabica beans细长扁平，而Robusta beans则圆润浑圆。