咖啡的三大原生种——阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，虽然市场上流通的主要是前两者，但每一种都有其独特之处。咖啡植物共约40种，但只有这三种能生产出具有商业价值的豆子。

阿拉比卡种（学名Coffea arabica）起源于埃塞俄比亚高原，是世界上最广泛消费的咖啡品种，占全球市场75%~80%。它因风味和香气而受到喜爱，但抗病能力较弱，特别对叶锈病敏感。

阿拉比卡种主要产自南美洲、中美洲、非洲（尤其是东非国家）以及亚洲的一些地区。

罗布斯塔种（学名Coffea robusta Linden），发现于刚果，具有更强的抗病力，对热带多湿环境适应性强。尽管仅占混合咖啡2%~3%，但它在工业生产中扮演重要角色，如速溶咖啡、灌装咖啡等。此外，它含有的咖啡因量远高于阿拉比卡种，为3.2%，与苦味相辅相成。

罗布斯塔主要产地包括印度尼西亚、越南以及西非诸国。

利比里亚种（学名Coffea liberica），起源于西非，对各种环境都有一定的适应能力，只不过不耐叶锈病，其风味也略逊一筹，因此通常用于国内交易或研究目的而不是大规模商业化。

根据国际咖啡组织（ICO）的统计，在全球市场上，大约65%为阿拉比卡種，其余35%为罗布斯塔種。这两者的不同之处在于豆子的形状：阿拉比卡豆细长且扁平，而罗布斯塔豆则较浑圆。