咖啡的种类主要分为三大类：阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚。然而，在市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种。不论何种都有其优缺点，使用的目的与用途亦不尽相同。

咖啡属植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚这三种，这三种称为“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡（学名Coffea arabica）

阿拉比卡种最初来自埃塞俄比亚高原，13世纪开始作为药物食用，16世纪经由阿拉伯传入欧洲，现在成为世界共同喜爱的饮料。所有咖啡中，阿拉比卡占75%~80%，它的风味与香气使其成为直接饮用的唯一品種。但其对干燥、霜害、病虫害等抵抗力过低。

主要产地包括南美洲（除了巴西部分地区）、中美洲、非洲（尤其是肯尼亚和埃塞俄比亚）以及亚洲的一些区域。

罗布斯塔（学名Coffea robusta Linden）

在刚果发现的一品種，对叶锈病有更强抗性，不适合于高温多湿地区就是罗布斯塔生长的地方。它具有独特香味与苦味，只占混合咖啡少量，但在工业生产上被广泛使用，如速溶咖啡等。含有的咖啡因量较高，为3.2%左右，比起1.5%的阿拉白克更加浓烈。

主要产地包括印度尼西亚、越南以及一些非洲国家，如科特迪瓦和安哥洛。

利比里亚（学名Coffea liberica）

原产于西部非洲，对各种环境都有一定的适应能力，但不耐叶锈病且风味较差，因此只在几个国内交易或用于研究栽培。在全球市场上，其比例极小，大概只有35%，而剩下的65%则是由其他两个品種所占据。

根据国际组织统计，在扣除国内交易后，在全球市场上的主要流通品種是：

65%为Arabica

35%为Robusta

从形状可以轻易区分它们，Arabica呈细长扁平，而Robusta则较圆润浑圆。