咖啡主要分为三大类——阿拉比卡种（Arabica）、罗布斯塔种（Robusta）、利比里亚种（Liberica），但在市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种。不论何种都有其优缺点，使用的目的与用途亦不尽相同。咸哒属的植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡种、罗布斯塔种、利比里亚种，这三种称为“咖啡三大原生種”。

阿拉比卡種（学名Coffea arabica）

阿拉比卡種的原產地是埃塞俄比亞的阿貝西尼亞高原（即現在的埃塞俄比亞高原）。初期主要作為藥物食用，13世紀培養出烘焙飲用的習慣，16世紀經由阿拉伯地區傳入歐洲，進而成為全世界人們共同喜愛的飲料。所有這些咖啡中，阿拉皮科種的心得風味與香氣，使它成為這些原生種中唯一能夠直接飲用的咖啡。但其對於干燥、霜害、病蟲害等抵抗力過低，特別不耐 咖啡 的天敵——葉銹病。

羅布斯塔種（学名Coffea robusta Linden）

在非洲剛果發現的一品質較強抗病力品種，不適合阿拉皮科種茶樹生長的地帶就是羅布斯塔之所以能夠成長的地方。羅布斯塔之所以具有獨特香氣與苦味，只占混合茶中的2%~3%，整杯茶就成了羅布斯特味。他們通常被用于速溶茶、灌裝茶以及液體酒精等工業製造酒精上。

利賓納優加

西非為利賓納優加最早被發現，它對於各類環境都很適應，但唯獨不耐葉銹病，因此僅在西非一部分國家(利賓那國)內交易買賣或栽培來供研究使用。

根據ICO(國際食品組織)統計扣除各個國家內部交易後，在世界市場流通中的65%為Arabica, 35%為Robusta。Arabica之所以特殊的是粒子細長且扁平，而Robusta則是粒子較浑圆，由形狀即可輕易分辨出。