哥伦比亚咖啡的品种主要为小粒咖啡。植物为小乔木或大灌木，高5-8米，基部通常多分枝；老枝灰白色，节膨大，幼枝，压扁形。叶薄革质，卵状披针形或披针形，长6-14厘米，宽3.5-5厘米，顶端长渐尖，渐尖部分长10-15毫米，基部楔形或微钝，罕有圆形，全缘或呈浅波形，两面，下面脉腋内有或无小窝孔；中脉在叶片两面均凸起，侧脉每边7-13条；叶柄长8-15毫米；托叶阔三角形，生于幼枝上部的顶端锥状长尖或芒尖，生于老枝上的顶端常为突尖，长3-6毫米。聚伞花序数个簇生于叶腋内，每个花序有花2-5朵，无总花梗或具极短总花梗；花芳香，有长0.5-1毫米的花梗；苞片基部多少合生，二型，其中2枚阔三角形，长和宽近相等，另2枚披针形，长为宽的2倍，叶形；萼管管形，长2.5-3毫米，萼檐截平或具5小齿；花冠白色，长度因品种而异，一般长10-18毫米，顶部常5裂，罕有4或6裂，裂片常长于花冠管，顶端常钝；花药伸出冠管外，长6-8毫米；花柱长12-14毫米，柱头2裂，长3-4毫米。浆果成熟时阔椭圆形，红色，长12-16毫米，直径10-12毫米，外果皮硬膜质，中果皮肉质，有甜味；种子背面凸起，腹面平坦，有纵槽，长8-10毫米，直径5-7毫米。花期3-4月。