咖啡水洗法始于18世纪中期。水洗过程首先要将咖啡果实(红色樱桃)的果肉去除，接着用发酵槽去除残留在内果皮上的黏膜，豆子清洗过后加以干燥。非水洗法与水洗法的不同，在于非水洗法是干燥之后再去除果肉，而水洗法则是去除果肉后再干燥。 水洗法能通过每个步骤去除杂质(石头或垃圾等)与瑕疵豆，因此生豆的外观均一，普遍被认为具有高品质，交易价格也较自然干燥法精制的咖啡豆高。 但是工程分工越细，作业与卫生管理方面的手续也就越多，风险亦越高，因而水洗式不见得就等于高品质。水洗式咖啡最大的缺点在于，发酵过程中咖啡豆容易沾染上发酵的臭味，有些咖啡行家指出：“一颗有发酵味的咖啡豆会坏了50克的豆子。”豆子会沾上发酵味，绝大多数是因为发酵槽缺乏管理维护的关系。将内果皮上带着黏膜的咖啡豆浸泡在发酵槽中一个晚上就能够去除黏膜。但若是发酵槽中的微生物产生变化，会导致咖啡豆沾上发酵味。 另外，咖啡水洗法的设备成本较高，水洗的步骤也相当费工夫，生产成本也就相对提高了。