影响生育能力

女性长期过量饮用咖啡可能会影响生殖系统，导致排卵不规律和月经周期紊乱。咖啡中的咖啡因可以抑制体内某些激素的分泌，如雌激素和孕激素，这对于试图怀孕或已经怀孕的女性来说是一个潜在风险。研究显示，高剂量咖啡因摄入与早产、流产以及胎儿发育异常有关。此外，过多的咖啡因还可能引起宫颈炎等妇科疾病。

增加心血管疾病风险

虽然短期内适量饮用咖啡对心脏无害，但长期大量消费则可能增加心脏病、高血压和中风等心血管疾病的风险。这是因为高浓度的咖啡因能够刺激肾上腺素和去甲肾上腺素（ADRENALINE）的释放，从而提高心率、Blood Pressure并增加动脉粥样硬化。

引起消化问题

对一些人来说，含有较高浓度哌嗪（一个主要成分）的大杯子热巧克力或黑牛奶可能会导致胃部不适、恶心甚至呕吐。另外，由于这些饮品中的乳糖酸酶活性低，不良反应更容易发生。在这方面，对于乳糖不耐受的人来说，即使是小份也应慎重。

影响睡眠质量

晚间摄入含有较高浓度哌嗪的大量热巧克力或牛奶前后几小时内，都有可能干扰正常睡眠模式。由于哌嗪具有兴奋作用，它能促进大脑产生多巴胺，从而提高情绪。但此同时，也会让人感到难以安静下来睡觉，并且降低深层睡眠时间，使得第二天醒来时感觉疲倦。

皮肤问题与食欲增减

一些研究表明，常喝含有香草精或者其他添加剂的甜味飲料，比如巧克力奶昔，有助於減少脂肪吸收，因为它們會讓你感到較快饑餓並吃得較少。不过，如果過度依赖这些甜味飲料以控制體重，那麼這種長期影響對身體健康也是負面的。此外，一些人在服用包含调味品如香草精、焦糖精及蔗糖等物质后的几个小时内，有报告出现皮疹现象，这说明了个体对这些添加剂敏感性不同，因此要注意观察自身反应。