咖啡的种类主要有三大类——阿拉比卡（Arabica）、罗布斯塔（Robusta）和利比里亚（Liberica），但在市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种。不论何种都有其优缺点，使用的目的与用途亦不尽相同。咖啡属植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡、罗布斯塔、利比里亚这三种，这三种称为“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡（学名Coffea arabica）

阿拉比卡的原产地是埃塞俄比亚高原。初期主要作为药物食用，13世纪培养出烘焙饮用的习惯，16世纪经由阿拉伯地区传入欧洲，进而成为全世界人们共同喜爱的饮料。所有这些中间，只有的阿拉比卡占75%~80%，它们绝佳风味与香气，使他们成为这些原生种中唯一能够直接饮用的。

主要产地包括南美洲除了巴西部分地区外、中美洲、非洲如肯尼亚、埃塞俄比亚等地，以及亚洲的一些区域，如也门、印度、新几内亚。

罗布斯塔（学名Coffea robusta Linden）

在非洲刚果发现的一个耐叶锈病品种，它们对病虫害更具抵抗力。它们并不适合于那些不是为阿拉碳品质所适宜的地带，那里的温度高且湿润正是他们生长的地方。这一品系具有独特而鲜明强烈的香味及苦味，只占混合中的2%~3%，即使如此，一杯这样的液体便会充满了这种口感。而它们通常用于速溶咖啡或其他工业生产之用，其含量较高，为3.2%，远超那以1.5%含量最低限额的是另一品系。

该品系主要产自印尼西亚以及越南和一些西非国家，而越南近年来则致力于提高自己在全球主要生产国中的排名。

利贝里雅（学名Coffea liberica）

西非为利贝里雅原始产地，对各种环境都十分适应性，即使是不温也不热，也不怕潮湿也不怕干燥，但唯独不能忍受叶锈病，因此仅在少数几个国家国内交易买卖，或供研究使用。

根据国际组织统计，在扣除各个国家国内交易后，在全球市场上的流通比例约为65%属于阿拉碳，再剩下的35%属于罗布斯塔。在形状上，可以通过观察是否细长扁平还是浑圆来区分这两者。