咖啡主要分为三大类——阿拉比卡种（Arabica）、罗布斯塔种（Robusta）、利比里亚种（Liberica），但在市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种。不论何种都有其优缺点，使用的目的与用途亦不尽相同。咸啡属的植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡种、罗布斯塔种、利比里亚種，這三種稱為“咖啡三大原生種”。

阿拉比卡種（學名Coffea arabica）

阿拉比卡種的原產地是埃塞俄匹亞的阿必西尼亞高原（即現在的埃塞俄匹亞高原）。初期主要作為藥物食用，13世紀培養出烘焙飲用的習慣，16世紀經由阿拉伯地區傳入歐洲，進而成為全世界人們共同喜愛的飲料。所有的咖啡中，阿拉比卡種的一般占75%~80%，它的一流風味與香氣，使它成為這些原生種中唯一能夠直接飲用的咖啡。但其對於干燥、霜害、病蟲害等抵抗力過低，特別不耐咖啡的大敵——葉銹病。

羅布斯塔種（學名Coffea robusta Linden）

在非洲剛果發現耐葉銹病品種，比起來更強壯，不適合於高溫多濕地帶就是羅布斯塔種飼育的地方。羅布斯塔含有獨特香味與苦味，只占混合一杯中的2%~3%，整杯就成了羅布斯達味。如果想要直接品嘗它恐怕得考慮一下。他們通常被用于速溶、一罐泡好、一液體泡好的工業製造商業化製作。

利比里亞科因類型

西非為了利別里亞科因類型在市場上的分布範圍很廣，它對於無論是在高溫或低溫、高潮濕或乾燥環境之下皆有一個很強適應能力，但只不耐受葉銹病，因此僅限於西非部分國家(例如：利維尼雅)內部交易買賣或者栽培供研究使用。

根據ICO (國際可可組織) 的統計數字，在世界市場上流通可可豆約65% 是屬於 Arábica, 35% 是屬於 Robustá, 可以通過形狀輕易區分開來。