咖啡的三大原生种——阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，尽管市场上主要流通的是前两种，但每一种都有其独特之处和用途。咖啡植物共有40多种，但只有这三大原生种能够生产出具有商业价值的咖啡豆。

阿拉比卡种

原产于埃塞俄比亚高原，最初作为药物食用，最终发展成烘焙饮用的习惯。在欧洲被引入后，它成为全球最受欢迎的饮料之一，占所有咖啡中70%~80%。它因风味与香气而受到青睐，但对干燥、霜冻、病虫害等不太耐受，尤其是叶锈病。

主要产地包括南美洲（除了阿根廷与巴西部分地区）、中美洲、非洲（如肯尼亚和埃塞俄比亚）以及亚洲（也门、印度和巴布亚新几内亚）。

罗布斯塔种

在刚果发现的一品种，对叶锈病有更强抵抗力，不适合阿拉比卡種生长的地方。罗布斯塔種具有獨特的香氣與苦味，只占混合咖啡2%~3%，但在工业生产如速溶咖啡、高压钠蒸汽灭菌包装液体冲泡等方面发挥作用，其含有的咖啡因量远高于阿拉比卡種。

主要产地包括印度尼西亞越南以及科特迪瓦、阿尔及利亚和安哥拉为中心的地带西非国家，而越南近年来正致力于提升自己在全球主要生产国中的地位。

利比里亚種

原产於西非，是一種對各類環境都很強適應能力的品種，只是對葉鏽病不耐受，因為風味較差，所以通常只在一些國家内部交易或用于研究。根据国际coffee组织统计，在世界市场上，大约65%为Arabica, 35%为Robusta。

通过形状可以轻易区分这两种 咖啡豆：Arabica 的颗粒细长且扁平，而 Robusta 的则较浑圆。这三个品系各具特色，每个都有其独特之处，也因此它们被广泛应用于不同的场合下。