高糖分含量

速溶咖啡包装中往往添加了大量的糖和奶粉，这些都是高能量、高糖分的成分。长期饮用可能会导致体内血糖水平升高，引起或加剧肥胖、2型糖尿病等疾病。此外，过多摄入加工食品中的添加剂，如甜味剂和香精，也可能对身体造成损害。

缺乏营养

速溶咖啡通常不包含丰富的维生素、矿物质或膳食纤维，而这些营养素对于保持健康至关重要。缺乏这些营养素可能会影响免疫系统功能，使身体更容易受感冒、发烧等疾病侵袭。

烟熏物污染物

部分速溶咖啡产品使用烟熏法处理豆子来增强风味，但这种处理方式也意味着在生产过程中产生了一定数量的人类有机化合物（PAHs）和其他重金属污染物。长期摄入这些污染物可能会增加患上某些癌症风险。

可能含有抗生素残留

为了延长保鲜时间，制造商有时会将一些抗生素残留在原料中。但这对人类健康也是一个潜在威胁，因为过度使用抗生素可以导致耐药性问题，对身体构成了严重挑战。

过度刺激肾脏和消化系统

由于其独特的提取方法，速溶咖啡中的生物活性成分相较于传统煮沸法提炼出的咖啡要少得多。这使得它不能有效地刺激肝脏及胆囊以促进脂肪消化吸收，从而影响到新陈代谢效率，并且因为没有足够多的生物活性成分来保护肝脏，它们还不能提供同样的保护作用。此外，由于其快速冲泡过程，有人认为这可能使人感到口渴，因此不断地补充水份，但这并不一定为身体所需，可以间接增加尿液排出量，对肾脏造成额外负担。