咖啡的种类繁多，主要分为三大类：阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，但在市场上流通的主要是阿拉比卡和罗布斯塔两种。每一种都有其优缺点，使用目的与用途也不尽相同。咖啡植物约有40种，但能生产出具有商品价值咖啡豆的仅有这三种，这些称为“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡种

阿拉比卡种最初是作为药物食用，在13世纪培养出烘焙饮用的习惯，16世纪通过阿拉伯地区传入欧洲，现在已经成为全世界人们共同喜爱的饮料。所有这些原生品中，只有阿拉比卡种的咖啡能够直接饮用，其风味与香气使其占据了75%~80%以上的市场份额。但它对于干燥、霜害、病虫害等抵抗力较弱，对于叶锈病尤其敏感。

罗布斯塔种

罗布斯塔種耐叶锈病，不适合高温多湿地带，就是罗布斯塔種適合的地方。这种品质独特，有着独特的香味与苦味，仅占混合咖啡的一小部分（2%~3%），但却给整杯咖啡增添了一丝鲜明强烈风味。如果想直接品尝，它可能不是最佳选择。不过，由于它含有的咖费因量高达3.2%，远超过其他品系，它常用于速溶、灌装或液体工业生产。

利比里亚種

西非為利比里亞種的地理起源，对各种环境都有一定的适应能力，只是对叶锈病不耐受，并且风味相较於其他兩者差，所以主要在西非国家国内交易或者栽培研究之用。

根据国际coffee组织统计，在全球市场流通中的65%左右属于Arabica, 35%属于Robusta。这两者的区别可以通过形状来识别：Arabica 的豆子细长而扁平，而 Robusta 的则更圆润。在全球范围内，越南正致力于提升自己作为一名重要产油国的地位。