水洗法是目前最流行也是应用最广泛的生豆处理法，大多数的精品咖啡豆都会选择水洗法。在南美洲，除了巴西之外的所有国家都会选择水洗法来处理生豆。 水洗法是所有处理方法中科技含量最高的一种处理方法，通过多重的筛选来保证咖啡豆品质的均一稳定。首先依然要将豆子放入水槽内，然后去掉浮起的豆子，将沉入槽底的豆子放入果肉剔除机内。果肉剔除机不但可以剔除掉果肉，更重要的是它巧妙的利用了压力来将未成熟的豆子彻底的过滤掉。然后会将豆子放入发酵槽内进行最重要的水洗发酵处理。水洗发酵的目的是去掉豆子上的果胶，大约需要16到32个小时的发酵时间。在发酵过程中还会产生许多酸性物质，适当的醋酸不仅可以让咖啡豆更加不易发霉，还会增加咖啡的风味。但是发酵过度的豆子也会被染上酸涩味，从而变成劣质的咖啡。 水洗法的咖啡豆含水量一般在16%左右，豆子的品相较好，而且相对的杂味较少，口感清澈，果酸味明亮。