咖啡的种类主要分为三大类：阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚。尽管市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种，但每一种都有其独特之处，使用目的和用途也不尽相同。

咖啡属植物约有40种，但能够生产出具有商业价值的仅有这三大原生种。这三种被称作“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡（学名Coffea arabica）

阿拉比卡最初起源于埃塞俄比亚高原。它在13世纪开始作为药物食用，而到了16世纪，它通过阿拉伯地区传入欧洲，并成为全世界人们共同喜爱的饮料。所有咖啡中，阿拉比卡占了75%到80%，它的风味与香气使得它成为这些原生种中唯一直接可饮用的咖啡。但是，它对干燥、霜害、病虫害等不太耐受，尤其是不耐叶锈病。

罗布斯塔（学名Coffea robusta Linden）

罗布斯塔是一种耐叶锈病品种，在非洲刚果发现，它拥有更强的抗病力，不适合于高温多湿地带，这正是罗布斯塔生长的地方。罗布斯塔具有独特而鲜明的香味与苦味，只占混合咖啡中的2%到3%，整杯就成了罗布斯塔味。由于含有较高量的咖啡因，即3.2%，远高于阿拉比卡1.5%，因此通常用于速溶、灌装或液体工业生产。

主要生产国包括印度尼西亚、越南以及科特迪瓦、中非共和国等国家。

利比里亚（学名Coffea liberica）

利比里亚原始产自西非，对各种环境都很适应性强，只不过不耐叶锈病，而且风味也差一些，因此仅在西非部分国家内部交易或栽培供研究使用。

根据国际coffee组织（ICO）的统计，在全球市场上流通的大约65%为阿拉비卡，35%为罗布斯特。一颗细长扁平的是阿拉必加豆，一颗浑圆的是鲁柏士达豆，从形状就可以轻易区分开来。