咖啡的种类主要分为三大类：阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚。然而，在市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种。不论何种都有其优缺点，使用的目的与用途亦不尽相同。咖啡属植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚这三种，这三种称为“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡（学名Coffea arabica）

阿拉比卡种最初来自埃塞俄比亚高原，13世纪开始作为药物食用，16世纪经由阿拉伯地区传入欧洲，现在它成为全球人们共同喜爱的饮料。所有的咖啡中，阿拉比卡占75%~80%，它风味香气使之成为直接饮用的唯一品種。但其对干燥霜害病虫害等抵抗力过低。

主要产地包括南美洲（除了巴西部分地区）、中美洲非洲（肯尼亚、埃塞俄比亚等地）以及亚洲（如也门印度巴布亚新几内亚）。

罗布斯塔（学名Coffea robusta Linden）

在非洲刚果发现的一品種，它耐叶锈病，不适合于高温多湿地带就是罗布斯塔生长的地方。罗布斯塔具有独特香味苦味仅占混合咖啡2%~3%，整杯就成了罗布斯塔风味。

主要生产国是印度尼西亚越南以及科特迪瓦、阿尔及利亚安哥拉为中心的地域。

利比里亚

西非国家是利比里亞種原产地，对各种环境均适应性强，只是不耐叶锈病故在国内交易或用于研究使用。

根据ICO统计，在世界市场流通中65%是Arabica, 35% 是Robusta。Arabica 的特征颗粒细长扁平，而 Robusta 咖啡豆较浑圆，从形状可轻易识别出来。