咖啡的种类主要分为三大类：阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚。然而，在市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种。不论何种都有其优缺点，使用的目的与用途亦不尽相同。

咖啡属植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚这三种，这三种称为“咖啡三大原生种”。

阿拉比卡（学名Coffea arabica）

阿拉比卡种最初来自埃塞俄比亚高原，13世纪开始作为药物食用，16世纪经由阿拉伯传入欧洲，现在成为世界共同喜爱的饮料。所有咖啡中，阿拉比卡占75%~80%，它的风味与香气使其成为直接饮用的唯一品種。但其对干燥、霜害、病虫害等抵抗力过低，特别是不耐叶锈病。

主要产地包括南美洲（除巴西部分地区外）、中美洲、非洲（肯尼亚、埃塞俄 比亚等地）以及亚洲（也门、印度和巴布亚新几内亚）。

罗布斯塔（学名Coffea robusta Linden）

在非洲刚果发现的一款耐叶锈病品種，对于不适合阿拉比卡生长的地方更适宜。罗布斯塔具有独特香味与苦味，只占混合咖啡2%~3%，整杯就成了罗布斯塔风味。它用于速溶咖啡、高压灭菌液体包装及其他工业产品。在越南尤为重要，它含有的咖啡因量远高于阿拉비卡。

利比里亚（学名Coffea liberica）

西非国家为利比里亚原产地，对各种环境都很强壮，但只不过不耐叶锈病且风味较差，因此主要在国内交易或研究使用。

根据ICO统计，在全球市场流通中的65%是Arabica，而35%是Robusta。它们可以通过形状区分——Arabica颗粒细长扁平，而Robusta则圆润浑厚。