咖啡的三大原生种——阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，虽然市场上主要流通的是前两种，但每一种都有其独特之处和用途。这些咖啡豆来自于咖啡属约40个品种中，只有这三大原生种能够生产出具有商业价值的豆子。

阿拉比卡种（学名Coffea arabica）起源于埃塞俄比亚高原，被称为最受欢迎的饮料之一。它占据了所有咖啡中的75%~80%，因其卓越的风味和香气。但是，它对干燥、霜冻和病虫害等条件不够耐受，尤其是叶锈病。

阿拉比卡种主要产地包括南美洲（除了巴西的一部分）、中美洲、非洲以及亚洲一些地区。

罗布斯塔种（学名Coffea robusta Linden），在非洲刚果发现，是更具抗病性的品種。不适合高温多湿环境就是罗布斯塔种成长的地方。罗布斯塔含有3.2%以上的咖啡因，与阿拉比卡相较，有着鲜明而强烈的苦味，因此通常用于速溶咖啡等工业生产。

主要产国包括印度尼西亚、越南以及科特迪瓦、阿尔及利亚和安哥拉等西非国家。

利比里亚种（学名Coffea liberica），原产于西非，对各种环境都很适应性强，但不耐叶锈病，而且风味较差，所以仅在少数国家内交易或用于研究。根据国际咖啡组织统计，在全球市场上，大约65%为阿拉比卡，35%为罗布斯塔，这些比例随时间可能会变化。在形状上，可以通过细长扁平与浑圆来区分它们。