咖啡的三大原生种——阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，虽然市场上主要流通的是阿拉比卡和罗布斯塔，但每一种都有其独特之处。它们的使用目的和用途也不尽相同。

咖啡植物共约40种，但能生产出具有商品价值的仅有这三种。这就是人们所说的“咖啡三大原生种”。

首先是阿拉比卡种（学名Coffea arabica）。它最初在埃塞俄比亚高原被发现，然后传入欧洲，成为世界范围内人们共同喜爱的饮料。所有咖啡中，阿拉比卡占75%~80%，因其风味与香气而闻名。但它对干燥、霜害、病虫害等抵抗力较弱，对叶锈病尤其敏感。

主要产地包括南美洲（除了巴西的一些地区）、中美洲、非洲（如肯尼亚和埃塞俄比亚）以及亚洲一些区域。

接着是罗布斯塔种（学名Coffea robusta Linden）。它在刚果发现，并且耐受叶锈病，而这种疾病对阿拉比卡非常致命。因此，它适合在高温多湿的地带生长，这正好是许多不适合阿拉比卡的地方。罗布斯塔咖啡风味鲜明但苦味也更强，只占混合饮料中的2%~3%，即使如此，它也是工业生产中的重要材料之一，因为含有的咖啡因量远高于其他两者。

主要产地包括印度尼西亚、越南以及一些非洲国家，如科特迪瓦、安哥拉等国，以及西非诸国。

最后是利比里亚种（学名Coffea liberica），这是一个相对罕见的品种，其适应性强，可以生长在各种环境下，只要不是叶锈病，就不会遇到什么问题。不过，由于风味没有其他两者的优雅，所以几乎只用于研究或国内交易，不像其他两者那样广泛出口到国际市场。

根据国际咖啡组织ICO统计，在全球市场上，大约65%为阿拉比卡，35%为罗布斯塔。这可以通过豆子的形状来区分：一方面是细长扁平的小颗粒，即为小麦芽；另一方面则是一般圆润的大颗粒，即为普通红豆或黑豆。在实际操作中，这一点就足以让人轻易识别哪个属于哪个品类了。