接着，技工将咖啡豆运至奇兹附近的技术中心。有些安装于山丘上的仓库内的机器，会除去咖啡豆的角质皮。职员将咖啡豆送至邻近的研究所，进行最后的品质控制-人工分拣，由数名经验丰富的妇女执行。在装袋并根据其品质贴上标签后，咖啡豆便能于仓库中储存以等待上市。 咖啡果卢旺达咖啡的最大收成季节是在当地的主要雨季间，从三月到五月底。收成季节时，农人们一天中大部分的时间都用在以人工采摘咖啡果。到了下午，农人以香蕉叶编成的传统篮篓装着咖啡果到距离数小时远的清洗站处理。技工以手将品质最良好、带着深红色的咖啡果挑选出来，并将剩余的咖啡果送还农人，在马拉巴加工区外的市场以低价售出。技工支付农人每公斤0.10美元的报酬。公会每两星期将报酬存入农人的银行帐户。 加工中的水槽技工会立刻进行清洗加工，因为延误将会使包覆著咖啡豆的含糖外层发酵，毁了咖啡的口感。咖啡豆首先被丢进一个深水槽中，品质最佳的咖啡果会没入底部并通过一个褪下外皮的机器。技工将漂浮的咖啡果取出，以相同方式加工后让合作社于国内市场以较低的价格出售。咖啡豆通过合作社三台去皮与精选机器，去除外皮与含糖外层，然后让咖啡豆个别通过震动的滤器。滤器将最高品质的A级豆与那些被列为B级的分开;两种等级以1%斜度的水道分别向山丘下运送。运送的过程将各品质的咖啡豆作更进一步的分类，水道底部约有十五个水槽能捕获不同种类的咖啡豆。咖啡豆在水中持续保存著，A级豆与B级豆分别停留两天及15-20小时，使其微微发酵，将剩余糖分转换，而不严重的损害口感。 经清洗的咖啡豆于网架上风干技工在清洗咖啡豆多次以彻底去除剩余外皮与含糖外层之后，将咖啡豆放入荫庇的网架风干。合作社职员定期将咖啡豆翻转，同时技工会继续寻找并挑出品质不佳的咖啡豆。为期两周的干燥过程在阳光下进行着(预备覆盖物以防下雨)，并不停的将咖啡豆翻转。这个步骤使得咖啡豆里水的含量从40%降低至12%。