咖啡的三大原生种——阿拉比卡、罗布斯塔和利比里亚，虽然市场上主要流通的是阿拉比卡和罗布斯塔，但每一种都有其独特之处。它们的使用目的和用途也不尽相同。

咖啡植物共有约40种，但能够生产出具有商业价值的只有这三大原生种。

阿拉比卡种（学名Coffea arabica），起源于埃塞俄比亚高原，是最受欢迎的咖啡饮料之一。它占全球所有咖啡中75%~80%，以其优质风味和香气著称。但是，它对干燥、霜害和病虫害的抵抗力较弱，尤其不耐叶锈病。

罗布斯塔种（学名Coffea robusta Linden），在非洲刚果发现，以其强大的抗病能力而闻名。它适应高温多湿环境，不适合阿拉比卡种生长的地方。这使得罗布斯塔成为速溶咖啡、灌装咖啡等工业产品中的主要组成部分，其风味鲜明且苦味浓郁，含有3.2%左右的咖啡因，比阿拉比卡更高。此外，它也是印度尼西亚、越南以及西非诸国重要产区。

利比里亚种（学名Coffea liberica），起源于西非，对各种环境都很健壮，只不过不耐叶锈病，这使得它仅在一些国家用于国内交易或研究。由于风味与其他两者相比较较差，因此并不广泛流行。

根据国际coffee组织（ICO）的统计，在世界市场上，大约65%为阿拉比卡种，而35%为罗布斯塔种，可以通过豆粒形状来区分，即扁平细长为阿拉比卡，圆润浑厚为罗布斯塔。